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CRISPR gRNA文库效劳

CRISPR-Cas9手艺作为近期热门的基因编辑工具 ,具有精准、廉价、易于使用 ,并且很是强盛的特点。由于基因组序列中PAM序列的普遍保存 ,运用CRISPR-Cas9手艺基本能实现对基因组中所有基因的编辑。理论上制备靶向全基因组的gRNA文库 ,运用CRISPR-Cas9就能够高通量的对全基因组的所有基因举行编辑操作 ,实现高通量的功效性基因的筛选。

BET9登录网址提供现货供应 ,针对Human和Mouse全基因组规模的CRISPR基因敲除(GeCKO)gRNA文库转录激活(SAM)gRNA文库 ,实现全基因规模内功效基因的高通量快速筛选。同时BET9登录网址还可以凭证需求为客户合成gRNA序列由Broad研究所预先设计和验证 ,基因靶点由药物基因交互数据库确定 ,靶向筛选特定通路的Pathway-focused gRNA文库。

CRISPR gRNA文库使用要领

CRISPR gRNA library

BET9登录网址CRISPR gRNA文库类型

  • 全基因组规模基因敲除gRNA文库(GeCKO v2.0)

    全基因组规模基因敲除gRNA文库(GeCKO v2.0)

    BET9登录网址提供专利引进于Broad研究所张峰实验室的 ,能实现Human和Mouse细胞基因组规模CRISPR敲除的gRNA文库(GeCKO ) ,能够在Human或Mouse细胞中快速爆发功效缺失的突变体并且筛选所期望的表型。运用GeCKO文库可以在人或小鼠的基因组内敲除任何表达基因及miRNA等非表达的基因。GeCKO文库允许客户在差别的条件下判断任何细胞功效必需的基因 ,筛选何种基因的缺失会使癌细胞具有耐药性。GeCKO文库已经被普遍使用于原代的人或小鼠细胞 ,干细胞 ,癌细胞及种种稳固细胞系。GeCKO v2.0作为升级版的GeCKO文库 ,加入非靶向gRNA作为比照 ,同时用于转导的慢病毒载体也同步举行了升级 ,以便更高效的富集病毒和提升病毒在原代细胞的转染效率。

    GeCKO v2.0文库针对每个基因设计了6条gRNA序列 ,但为了降低后续转染和筛选事情量的压力将GeCKO v2.0文库分成两个文库 ,文库A和文库B。每个文库包括针对每个基因的3个gRNA ,以及1,000个非靶向的比照性gRNA。A文库还包括针对miRNA的gRNA(每个miRNA有4个gRNA)。为了确保针对每个基因的gRNA的完整表达 ,可以同时购置A文库和B文库混淆后使用 ;但若是细胞样品和后续高通量筛能力有限 ,建议可以仅使用文库A举行筛选。

    更多GeCKO文库设计、构建信息 ,请参考张峰实验室揭晓的文献:Sanjana N.E. ,Shalem O. ,Zhang F. Improved vectors and genome-wide libraries for CRISPR screeningNat Methods. 2014 Aug ;11(8):783-4. doi:10.1038/nmeth.3047.

    文库信息

    文库 序列信息
    Human Library A 65,383 sequences:
    • 靶向19,050个基因 ,每3条gRNA靶向1个基因 ;
    • 1,864个miRNA ,每4条gRNA靶向1个miRNA ;
    • 1000条比照(非靶向性)gRNA。
    Human Library B 58,028 sequences:
    • 靶向19,050个基因 ,每3条gRNA靶向1个基因 ;
    • 1000条比照(非靶向性)gRNA。
    Mouse Library A 67,405 sequences:
    • 靶向20,611个基因 ,每3条gRNA靶向1个基因 ;
    • 1,175个miRNA ,每4条gRNA靶向1个miRNA ;
    • 1000条比照(非靶向性)gRNA。
    Mouse Library B 62,804 sequences:
    • 靶向20,611个基因 ,每3条gRNA靶向1个基因 ;
    • 1000条比照(非靶向性)gRNA。

    BET9登录网址GeCKO v2.0文库交付形式和使用要领

    GeCKO v2.0文库中每一个gRNA都被克隆进优化的慢病毒载体 ,与辅助细胞共转染293细胞后可形成高滴度的病毒 ,最终gRNA序列可在目的细胞中实现高效转录。

    完成病毒包装的GeCKO v2.0文库应与目的细胞举行较低的MOI举行转染 ,以确保进入单个细胞的gRNA数目不凌驾1个。在完成转染后 ,最先筛选事情之前 ,应举行一轮NGS深度测序 ,评估细胞池中gRNA的表达情形。在筛选竣事后再举行第二轮NGS深度测序 ,并对数据举行剖析, 确定筛选历程中丧失或富集的gRNA序列。

    Julia Joung et.al. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout and transcriptional activation screening. Nat Protoc. 2017 Apr;12(4):828-863

    Catalog# 文库类型 载体 规格 价钱
    SC1771-25
    SC1771-100
    SC1771-200
    Human GeCKO Library A pLentiCRISPR v2
    25?g
    100?g
    200?g
    库存现货
    咨询定制
    SC1774-25
    SC1774-100
    SC1774-200
    pLentiGuide-Puro
    Accompanied by:
    pLentiCas9-Blast
    25?g
    100?g
    200?g
    库存现货
    咨询定制
    SC1777-25
    SC1777-100
    SC1777-200
    Human GeCKO Library B pLentiCRISPR v2
    25?g
    100?g
    200?g
    库存现货
    咨询定制
    SC1780-25
    SC1780-100
    SC1780-200
    pLentiGuide-Puro
    Accompanied by:
    pLentiCas9-Blast
    25?g
    100?g
    200?g
    库存现货
    咨询定制
    SC1783-25
    SC1783-100
    SC1783-200
    Mouse GeCKO Library A pLentiCRISPR v2
    25?g
    100?g
    200?g
    暂无现货
    咨询定制
    SC1843-25
    SC1843-100
    SC1843-200
    pLentiGuide-Puro
    Accompanied by:
    pLentiCas9-Blast
    25?g
    100?g
    200?g
    库存现货
    咨询定制
    SC1849-25
    SC1849-100
    SC1849-200
    Mouse GeCKO Library B pLentiGuide-Puro
    Accompanied by:
    pLentiCas9-Blast
    25?g
    100?g
    200?g
    库存现货
    咨询定制

    GeCKO文库交付规格

    • 文库(转染级)以25μg为一个单位量。100μg及200μg文库划分是以4x25μg或者8x25μg形式交付。
    • 提供项目报告及二代测序验证的统计摘要及COA文件 ,如您需要 ,还可提供完整可用的NGS原始数据。
  • CRISPR转录激活文库

    CRISPR转录激活(SAM)gRNA文库

    将切割活性缺失的dCas9卵白和转录激活元件举行融合 ,同时配备靶向基因上游调控区域的gRNA序列形成的转录激活复合物能精准靶向基因上游转录激活区域并有用激活基因的表达。构建靶向全基因规模的gRNA文库团结dCas9和转录激活卵白 ,协作上调全基因表达水平 ,可以被应用于高通量、快速的功效获得型筛选。

    CRISPR/Cas9 SAM复合体的组成

    CRIPSR/Cas9 SAM复合体包括三个组分 ,每个组分克隆至单独的慢病毒载体 ,当三个载体同时转导到细胞中 ,形成SAM复合物 ,激活特定基因的转录。

    包括两个MS2的RNA适配体的gRNA:gRNA靶向目的基因转录起始位点上游的前200个bp ;2个发卡结构的MS2的RNA适配体 ,指导MS2-P65-HSF1融合卵白与gRNA的团结。

    MS2-P65-HSF1激活辅助卵白:两个转录激活域P65和HSF1能与VP64协同作用 ,强力激活下游编码区域的转录 ;MS2结构域能与sgRNA序列上的RNA适配体团结。

    dCas9-VP64融合卵白:dCas9缺失切割活性 ,确保内源性基因组中没有链断裂 ,同时指导dCas9-VP64融合卵白与gRNA团结 ;VP64是一个转录激活域 ,与p65和HSF1协同作用 ,增强转录。

    Three components -- dCas9-VP64, sgRNA-MS2, and MS2-p-HSF1 – form the assembled SAM complex

    CRISPR转录激活gRNA文库的使用

    完成病毒包装的SAM文库应与目的细胞举行较低的MOI举行转染 ,以确保进入单个细胞的gRNA数目不凌驾1个。在完成转染后 ,最先筛选事情之前 ,应举行一轮NGS深度测序 ,评估细胞池中gRNA的表达情形。在筛选竣事后再举行第二轮NGS深度测序 ,并对数据举行剖析 ,确定筛选压制历程中丧失或富集的gRNA序列。

    更多SAM文库设计和构建的完整细节 ,请拜见:Konermann S*, Brigham MD* ,Trevino AE ,Joung J ,Abudayyeh OO ,Barcena C ,Hsu PD ,Habib N ,Gootenberg JS, Nishimasu H, Nureki O & Zhang F. Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex Nature ,doi:10.1038/nature14136.

    转录激活(SAM)gRNA文库信息

    Human转录激活(SAM)gRNA文库

    Mouse转录激活(SAM)gRNA文库

    转录激活(SAM)gRNA文库规格

    Catalog# 文库类型 载体 规格 订购量
    SC1770-25
    SC1770-100
    SC1770-200
    Human SAM Library
    25?g
    100?g
    200?g
    SC1754-25
    SC1754-100
    SC1754-200
    25?g
    100?g
    200?g
    SC1844-25
    SC1844-100
    SC1844-200
    Mouse SAM Library
    25?g
    100?g
    200 ?g
  • Pathway-focused gRNA文库

    Pathway-focused gRNA文库

    Pathway-focused gRNA文库是靶向筛选特定通路的理想工具。使用经由药物基因交互数据库(Drug Gene Interaction Database)确定的基因靶点 ,设计好的文库可用于通路或疾病相关基因的筛选。所有gRNA序列由Broad研究所预先设计和验证 ,并可定制化克隆至慢病毒载体中。

  • 定制化gRNA文库--提升筛选通量

    GenScript拥有基于半导体微阵列手艺的高质量寡核苷酸合成平台 ,可为CRISPR基因敲除 ,CRISPRa和CRISPRi提供完全定制的gRNA文库 ,提供的定制化gRNA文库具有完整的笼罩规模和匀称的漫衍。

    效劳优势

    • 专业的文库构建手艺 ,确保NGS验证笼罩率>99%
    • 可将文库克隆至张锋实验室允许的双载体或多合一CRISPR载体或其他客户指定的载体中
    • 交付质 ?芍苯佑糜诓《景 ,交付量可达微克级
    • 无序列限制
    • 交货期短至4周
    CRISPR gRNA library

    我们先使用先进的半导体手艺 ,精准合成单链寡核苷酸 ,通过PCR扩增后 ,再将双链gRNA克隆到所选载体来建设筛选文库。搭配高效慢病毒质粒 ,抵达更高的病毒滴度。

    案例剖析:NGS验证gRNA文库100%笼罩率和漫衍均一性

    10%有用读长 44
    90%有用读长 206
    均一度(90%/10%) 4.68
    平均测序深度 117
    最大深度测序 1068
    理论gRNA多样性 62804
    gRNA多样性实测 62804

    案例都说明:我们对一个理论多样性为62,804的gRNA文库举行NGS检测 ,效果批注该gRNA文库的笼罩率为100%。别的 ,均一度(90%/10%比率)效果小于5 ,批注文库中所需gRNA漫衍均等 ,确保了筛选效率和掷中物的判断。

如您有任何问题请联系BET9登录网址
CRISPR gRNA文库

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